Prateći dio Plana upravljanja vodnim područjima je Registar vodnih tijela s njihovim značajkama.

Navedeni registar čuva se u arhivi Hrvatskih voda, ne objavljuje se u Narodnim novinama, a podaci i informacije iz Registra dostupne su sukladno propisima o pravu na pristup informacijama (Zakon o pravu na pristup informacijama, Narodne novine, broj 25/13 i 85/15).

Stanje voda određeno je na razini vodnih tijela koja predstavljaju osnovne jedinice za analizu i upravljanje stanjem voda. Određivanje vodnih tijela počinje analizom prirodnih značajki voda, na temelju kojih se ukupnost voda na nekom području dijeli na jasno određene, prirodno približno homogene elemente. Podloga za izdvajanje tijela površinskih voda je njihova tipologija, utemeljena na povezanosti prirodnih bioloških zajednica i relevantnih abiotičkih značajki površinskih voda. Za izdvajanje tijela podzemnih voda koristi se hidrauličko razgraničenje i razgraničenje na temelju prirodnog kemijskog sastava podzemnih voda (po potrebi i tipizacija podzemnih voda prema prirodnim geokemijskim značajkama).

Moguće je da se za potrebe upravljanja pojedino prirodno izdvojeno vodno tijelo dodatno dijeli na manja vodna tijela, koja su potpuno jasno određena i u smislu stvarnoga stanja, rizika, ciljeva koji se planiraju postići i mjera koje su za to primjerene. Uobičajeni sekundarni kriteriji za izdvajanje vodnih tijela su: namjena određenih voda, izloženost antropogenim opterećenjima i utjecajima, status zaštićenosti i slično.

U Registru vodnih tijela je svakom vodnom tijelu pridružen jednoznačni nacionalni kod, sastavljen od 4 propisana i do 18 slobodnih alfanumeričkih znakova. Prilikom dostavljanja podataka u Informacijski sustav voda Europske komisije (WISE) na početku koda se dodaje jedinstvena oznaka države (HR).

Registar vodnih tijela se novelira donošenjem Plana upravljanja vodnim područjima i vrijedi tijekom šestogodišnjeg trajanja Plana. Trenutno je važeći Registar vodnih tijela za razdoblje 2022.- 2027. godina.

Podaci i informacije iz Registra vodnih tijela dostupni su sukladno propisima o pravu na pristup informacijama na https://www.voda.hr/hr/pristup-informacijama.