Na temelju članka 19. stavka 6. Uredbe o standardu kakvoće voda (Narodne novine, br. 73/13, 151/14 i 78/15) Hrvatske vode donose Metodologiju uzorkovanja, laboratorijskih analiza i određivanja omjera ekološke kakvoće bioloških elemenata kakvoće i ista se objavljuje na mrežnim stranicama ministarstva nadležnog za vodno gospodarstvo i Hrvatskih voda.

Metodologija uzorkovanja, laboratorijskih analiza i određivanja omjera ekološke kakvoće bioloških elemenata kakvoće donosi se za svaki biološki element kakvoće za sve tipove površinskih voda (rijeke, jezera, prijelazne vode i priobalne vode). Metodologija obuhvaća:

1. čimbenike za tipizaciju površinskih voda, koji bitno određuju prirodna ekološka obilježja voda, te značajke tipova površinskih voda prema odabranim čimbenicima;
2. postupke uzorkovanja koji uključuju vrijeme i način uzorkovanja, postupke konzerviranja i pohrane uzoraka kao i opremu za uzorkovanje;
3. laboratorijsku obradu uzoraka koja obuhvaća pripremu uzoraka za analizu, mikroskopiranje, determinaciju i kvantifikaciju vrsta te analitičke postupke;
4. postupke ocjene ekološkog stanja, s detaljnim opisima indeksa/pokazatelja ekološkog stanja, postupcima izračunavanja indeksa/pokazatelja i postupcima izračunavanja omjera ekološke kakvoće;
5. referentne, najlošije i vrijednosti kategorija ekološkog stanja indeksa/pokazatelja specifične za tipove površinskih voda;
6. operativne liste svojti.

Na temelju članka 21. stavka 3. Uredbe o standardu kakvoće voda (Narodne novine, br. 73/13, 151/14 i 78/15) Hrvatske vode donose Metodologiju monitoringa i ocjenjivanja hidromorfoloških pokazatelja i ista se objavljuje na mrežnim stranicama ministarstva nadležnog za vodno gospodarstvo i Hrvatskih voda.

U svrhu standardiziranja metodologije ocjenjivanja ekološkog stanja temeljem hidromorfoloških elemenata kakvoće donosi se Metodologija monitoringa i ocjenjivanja hidromorfoloških pokazatelja za tekućice, u kojoj je definirano:

1. postupak provedbe monitoringa hidromorfoloških promjena u tekućicama, uključujući vrijeme i mjesto monitoringa, opremu potrebnu za provedbu monitoringa, način provedbe monitoringa te sadržaj terenskog protokola u koji se unose ocjene hidromorfoloških pokazatelja;
2. postupak bodovanja hidromorfoloških pokazatelja grupiranih u tri hidromorfološka elementa: hidrološki režim, uzdužna povezanost i morfologija;
3. postupak ocjene ekološkog stanja temeljem hidromorfoloških elemenata kakvoće;
4. referentne uvjete u tipovima tekućica, odnosno vrste prirodnih supstrata u tipovima tekućica.

Sukladno odredbama Pravilnika o graničnim vrijednostima emisija otpadnih voda („Narodne novine“, broj: 26/20), Hrvatske vode donijele su Metodologiju primjene kombiniranog pristupa.

Metodologijom kombiniranog pristupa određuju se granične vrijednosti emisija pokazatelja za ispuštanje otpadnih voda u površinske vode, u slučaju kada se utvrdi da se ne mogu postići ciljevi zaštite voda primjenom osnovnih mjera.

Prva Metodologija donesena je 2015. godine, a druga 2018. godine. Nova Metodologija donosi se radi usklađenja sa Zakonom o vodama („Narodne novine“, broj: 66/19, 84/21 i 47/23), Uredbom o standardu kakvoće voda („Narodne novine“, broj: 96/19, 20/23 i 50/23 – ispravak) i Pravilnikom o graničnim vrijednostima emisija otpadnih voda („Narodne novine“, broj: 26/20), a primjenjuje se od 25. rujna 2025. godine. Ovisno o vrsti postupka koji se vodi, određivanje strožih graničnih vrijednosti emisija pokazatelja provodi se standardnim ili jednostavnijim pristupom.