Na temelju članka 19. stavka 6. Uredbe o standardu kakvoće voda (Narodne novine, br. 73/13, 151/14 i 78/15) Hrvatske vode donose Metodologiju uzorkovanja, laboratorijskih analiza i određivanja omjera ekološke kakvoće bioloških elemenata kakvoće i ista se objavljuje na mrežnim stranicama ministarstva nadležnog za vodno gospodarstvo i Hrvatskih voda.

Metodologija uzorkovanja, laboratorijskih analiza i određivanja omjera ekološke kakvoće bioloških elemenata kakvoće donosi se za svaki biološki element kakvoće za sve tipove površinskih voda (rijeke, jezera, prijelazne vode i priobalne vode). Metodologija obuhvaća:

1. čimbenike za tipizaciju površinskih voda, koji bitno određuju prirodna ekološka obilježja voda, te značajke tipova površinskih voda prema odabranim čimbenicima;
2. postupke uzorkovanja koji uključuju vrijeme i način uzorkovanja, postupke konzerviranja i pohrane uzoraka kao i opremu za uzorkovanje;
3. laboratorijsku obradu uzoraka koja obuhvaća pripremu uzoraka za analizu, mikroskopiranje, determinaciju i kvantifikaciju vrsta te analitičke postupke;
4. postupke ocjene ekološkog stanja, s detaljnim opisima indeksa/pokazatelja ekološkog stanja, postupcima izračunavanja indeksa/pokazatelja i postupcima izračunavanja omjera ekološke kakvoće;
5. referentne, najlošije i vrijednosti kategorija ekološkog stanja indeksa/pokazatelja specifične za tipove površinskih voda;
6. operativne liste svojti.

Na temelju članka 21. stavka 3. Uredbe o standardu kakvoće voda (Narodne novine, br. 73/13, 151/14 i 78/15) Hrvatske vode donose Metodologiju monitoringa i ocjenjivanja hidromorfoloških pokazatelja i ista se objavljuje na mrežnim stranicama ministarstva nadležnog za vodno gospodarstvo i Hrvatskih voda.

U svrhu standardiziranja metodologije ocjenjivanja ekološkog stanja temeljem hidromorfoloških elemenata kakvoće donosi se Metodologija monitoringa i ocjenjivanja hidromorfoloških pokazatelja za tekućice, u kojoj je definirano:

1. postupak provedbe monitoringa hidromorfoloških promjena u tekućicama, uključujući vrijeme i mjesto monitoringa, opremu potrebnu za provedbu monitoringa, način provedbe monitoringa te sadržaj terenskog protokola u koji se unose ocjene hidromorfoloških pokazatelja;
2. postupak bodovanja hidromorfoloških pokazatelja grupiranih u tri hidromorfološka elementa: hidrološki režim, uzdužna povezanost i morfologija;
3. postupak ocjene ekološkog stanja temeljem hidromorfoloških elemenata kakvoće;
4. referentne uvjete u tipovima tekućica, odnosno vrste prirodnih supstrata u tipovima tekućica.

Sukladno odredbama Pravilnika o graničnim vrijednostima emisija otpadnih voda (Narodne novine broj 80/2013, 43/2014, 27/2015 i 3/2016) Hrvatske vode donijele su Metodologiju primjene kombiniranog pristupa, koja se primjenjuje od 06. ožujka 2018. godine.

Metodologijom kombiniranog pristupa obuhvaćeno je određivanje graničnih vrijednosti emisija odnosno opterećenja onečišćujućih tvari za ispuštanje u površinske vode, u slučaju kada se utvrdi da se ne može postići dobro stanje voda primjenom osnovnih mjera.