Hrvatske vode su pravna osoba za upravljanje vodama utemeljene Zakonom o vodama, čiji je pravni status: pravna osoba sui generis na koju se podredno primjenjuju propisi koji vrijede za ustanove. Organizirane su po funkcionalnom i teritorijalnom principu.

Tijelo upravljanja je Upravno vijeće, a voditelj poslovanja je generalni direktor Hrvatskih voda koji ima dva zamjenika.

Ustrojstvo Hrvatskih voda dijelimo na dvije osnovne cjeline: Direkciju i vodnogospodarske odjele (VGO).

Direkciju čine Ured generalnog direktora, sektori, jedinice, središnje službe, te Glavni centar obrane od poplava.

Sektori u sastavu Direkcije su:

• Sektor razvitka i vodnogospodarskog planiranja,
• Sektor zaštite od štetnog djelovanja voda,
• Sektor korištenja voda,
• Sektor zaštite voda,
• Sektor planiranja i tehničke kontrole,
• Sektor financija,
• Sektor pravnih i kadrovskih poslova,
• Sektor informacijske i komunikacijske tehnologije,
• Sektor za projekte sufinancirane sredstvima EU-a,
• Sektor za podršku pripremi i provedbi EU projekata i
• Sektor logistike.

Jedinice u sastavu Direkcije su:

• Jedinica za provedbu Nacionalnog programa navodnjavanja i gospodarenja poljoprivrednim zemljištem i vodama i
• Jedinica za pripremu i provedbu EU projekata zaštite od štetnog djelovanja voda

Središnje službe u sastavu Direkcije su:

• Samostalna služba za unutarnju reviziju,
• Središnja služba za održavanje hidrotehničkih objekata i vodomjernih stanica
• Središnja služba za javnu nabavu,
• Središnja služba za vodne naknade i
• Središnja služba za javno vodno dobro i registar imovine.

U sastavu Direkcije su i:

• Ured generalnog direktora i
• Glavni centar obrane od poplava.

Teritorijalne jedinice Hrvatskih voda nalaze se na dva vodna područja, na vodnom području rijeke Dunav i jadranskom vodnom području, koja čine šest VGO-a u čijem sastavu su vodnogospodarske ispostave.

Na vodnom području rijeke Dunav su:

• VGO za srednju i donju Savu,
• VGO za gornju Savu,
• VGO za Muru i gornju Dravu i
• VGO za Dunav i donju Dravu.

Na jadranskom vodnom području su:

• VGO za slivove sjevernog Jadrana i
• VGO za slivove južnog Jadrana.