Hrvatske vode svake godine objavljuju natječaj za sufinanciranje projekata nevladinih udruga. Na natječaj se mogu prijaviti pravne osobe koje su registrirane kao udruge, a bave se pitanjima vezanim uz upravljanje vodama, za sufinanciranje izdavanja znanstvenih i stručnih knjiga i publikacija te za sufinanciranje organizacija znanstvenih i stručnih skupova. Djelovanje udruge mora biti u službi općeg i javnog dobra te javnosti u Republici Hrvatskoj i u skladu s općim vrednotama utvrđenim Ustavom Republike Hrvatske.
Prijavljeni projekt treba obuhvatiti praćenje, poticanje ili proširivanje znanja o vodnom režimu na državnom teritoriju ili vodnogospodarskim djelatnostima od javnog interesa, a udruga mora biti odgovorna za provedbu tog projekta i preuzima javnu odgovornost za njegov tijek. Također, udruga treba putem projekta ponuditi osmišljenu promidžbu s ciljem popularizacije znanja o vodnom režimu ili vodnogospodarskim djelatnostima.
Prednost u ostvarivanju financijske potpore imaju udruge čiji su projekti do sada kontinuirano sufinancirani i uspješno provedeni te koji trajno i sustavno utječu na korisnike.
Sve zainteresirane udruge prijavljuju samo jedan projekt i to na propisanim obrascima s detaljnim opisom projekta. Prijave za dodjelu sredstava, razmatra povjerenstvo koje je osnovano u Hrvatskim vodama, a odluku o dodjeli sredstava donosi generalni direktor Hrvatskih voda na temelju prijedloga povjerenstva.
Natječaj je otvoren do 25. kolovoza 2017, a više o detaljima natječaja pogledajte u rubrici "javni natječaji". Kroz dosadašnje sufinanciranje Hrvatske vode su dale doprinos brojnim nevladinim udrugama koje se bave pitanjima upravljanja vodama te na taj način utječu na razvoj znanosti i struke.