Nakon ulaska Republike Hrvatske u Europsku uniju, Sektor za projekte sufinancirane sredstvima EU kao Posredničko tijelo razine 2 u pripremi i provedbi projekata sufinanciranih iz navedenih EU fondova obavlja funkcije koje im je prenijelo Upravljačko tijelo, a koje su određene člankom 11. Zakona o uspostavi institucionalnog okvira za korištenje strukturnih instrumenata Europske unije u Republici Hrvatskoj:
- Pomaže Posredničkom tijelu razine 1 u pripremi uputa za korisnike, a posebno onih dijelova u kojima se utvrđuju specifični zahtjevi za preliminarnu procjenu sukladnosti projekata s primjenjivim pravilima o prihvatljivosti
- Obavlja procjenu sukladnosti projekata s primjenjivim pravilima o prihvatljivosti aktivnosti i projekta, te prihvatljivosti izdataka,
- Zaključuje ugovore o dodjeli bespovratnih sredstava s korisnicima i Posredničkim tijelom razine 1
- Osigurava da korisnici upotrebljavaju poseban računovodstveni sustav ili posebnu računovodstvenu kodifikaciju za projekte
- Provodi savjetodavne mjere, osiguravajući upoznavanje korisnika s njihovim pravima i odgovornostima u vezi s financiranjem
- Provjerava isporuke i prihvatljivost izdataka projekata te obavlja administrativne i provjere na terenu
- Nadzire napredak projekata te izvještava o tome prema potrebi i zahtjevu tijela u sustavu upravljanja i kontrole (SUK)
- Dostavlja informacije o provjerenim izdacima resornom ministarstvu/instituciji koja je izvršila financiranje kao i Upravljačkom tijelu
- Ispituje sumnje na nepravilnosti, utvrđuje postojanje nepravilnosti te o utvrđenim nepravilnostima izvještava nadležna tijela
- Provodi mjere informiranja i vidljivosti, s posebnim naglaskom na mjere namijenjene korisnicima
- Osigurava pravilnu provedbu mjera informiranja i vidljivosti od strane korisnika
- Priprema interne pisane procedure za provedbu svojih funkcija, sukladno smjernicama koje je donijelo Koordinacijsko tijelo, odnosno Tijelo za ovjeravanje
- Unosi odgovarajuće podatke u informatički sustav namijenjen za zabilježbu, pohranu i obradu podataka nužnih za financijsko praćenje i praćenje provedbe projekata (MIS, ESIFMIS, e-fondovi)
- Čuva dokumente i evidencije o provedbi funkcija radi osiguravanja odgovarajućeg revizijskog traga