Na temelju članka 19. stavka 6. Uredbe o standardu kakvoće voda (Narodne novine, br. 73/13, 151/14 i 78/15) Hrvatske vode donose Metodologiju uzorkovanja, laboratorijskih analiza i određivanja omjera ekološke kakvoće bioloških elemenata kakvoće i ista se objavljuje na mrežnim stranicama ministarstva nadležnog za vodno gospodarstvo i Hrvatskih voda. Metodologija je donesena temeljem Odluke o donošenju od 12. travnja 2016. godine i objavljena je OVDJE.

Metodologija se donosi za svaki biološki element kakvoće za sve tipove površinskih voda (rijeke, jezera, prijelazne vode i priobalne vode), a obuhvaća:

1. čimbenike za tipizaciju površinskih voda, koji određuju prirodna ekološka obilježja voda, te značajke tipova površinskih voda prema odabranim čimbenicima;
2. postupke uzorkovanja koji uključuju vrijeme i način uzorkovanja, postupke konzerviranja i pohrane uzoraka kao i opremu za uzorkovanje;
3. standarde za praćenje bioloških elemenata kakvoće;
4. laboratorijsku obradu uzoraka koja obuhvaća pripremu uzoraka za analizu, mikroskopiranje, determinaciju i kvantifikaciju vrsta te analitičke postupke;
5. postupke ocjene ekološkog stanja, s opisima indeksa/pokazatelja ekološkog stanja, postupcima izračunavanja indeksa/pokazatelja i postupcima izračunavanja omjera ekološke kakvoće; 
6. referentne, najlošije i vrijednosti kategorija ekološkog stanja indeksa/pokazatelja specifične za tipove površinskih voda;
7. operativne liste svojti.

Na temelju članka 21. stavka 3. Uredbe o standardu kakvoće voda (Narodne novine, br. 73/13, 151/14 i 78/15) Hrvatske vode donose Metodologiju monitoringa i ocjenjivanja hidromorfoloških pokazatelja i ista se objavljuje na mrežnim stranicama ministarstva nadležnog za vodno gospodarstvo i Hrvatskih voda. Metodologija je donesena temeljem Odluke o donošenju od 12. travnja 2016. godine i objavljena je OVDJE.

Metodologija se donosi u svrhu standardiziranja metodologije ocjenjivanja ekološkog stanja temeljem hidromorfoloških elemenata kakvoće, a u njoj je definirano:

1. standardi za praćenje hidromorfoloških elemenata kakvoće;
2. postupak provedbe monitoringa hidromorfoloških promjena u tekućicama, uključujući vrijeme i mjesto monitoringa, opremu potrebnu za provedbu monitoringa, način provedbe monitoringa te sadržaj terenskog protokola u koji se unose ocjene hidromorfoloških pokazatelja;
3. postupak bodovanja hidromorfoloških pokazatelja grupiranih u tri hidromorfološka elementa: hidrološki režim, uzdužna povezanost i morfologija;
4. postupak ocjene ekološkog stanja temeljem hidromorfoloških elemenata kakvoće;
5. referentni uvjeti u tipovima tekućica, odnosno vrste prirodnih supstrata u tipovima tekućica.